Körperbau
Eichhörnchen sind etwa 20 bis 25 cm lang, wobei der buschige Schwanz zusätzlich 15 bis 20 cm lang ist. Sie wiegen normalerweise zwischen 200 und 400 Gramm.
Fell
Die Fellfarbe der einheimischen Eichhörnchen variiert je nach Region und Jahreszeit, ist aber auch genetisch bedingt. Häufige Farben sind fuchsrot, rotbraun oder grau. Dunklere Farben wie Schwarz sind genetisch seltener. Hörnchen, die in den Nadelwäldern höher gelegenen Gegenden wohnen haben ein dunkleres Fell als ihre in den Laubwäldern in tiefer gelegenen Regionen lebenden Verwandten. Genau wie bei Hauskatzen auch, haben die Eichhörnchen in einem Wurf verschiedenen Farben, die vor allem durch die Farbe der Eltern bestimmt werden. Alle Eichhörnchen haben einen hellen Bauch.
Im Frühjahr und im Herbst findet zur Anpassung an die Außentemperaturen ein Fellwechsel statt. Das Winterfell viel dichter und dunkler als das Sommerfell. Auch der Schwanz ist im Winter dichter und die Haarpinsel an den Ohren dichter und länger, sie fallen beim Fellwechsel zur warmen Saison aus.
Kopf und Gesicht
Große, seitlich am Kopf sitzende Augen bieten ein weites Sichtfeld, nahezu 360 Grad umfassendes Sichtfeld. So können sie sowohl nach vorne als auch zu den Seiten hin sehen. Als tagaktive Tiere sehen sie in der Nacht nicht so gut, auch Farben können sie nicht gut erkennen.
An diversen Körperpartien wie Schnauze, Augenbereich, Extremitäten, Bauchregion und Schwanzansatz sind Eichhörnchen mit einer Vielzahl von Tasthaaren ausgestattet. Diese sensiblen Sinnesorgane dienen nicht ausschließlich der Navigation in dunklen Umgebungen oder beengten Räumen wie dem Kobel. Vielmehr übernehmen einige dieser spezialisierten Haare eine entscheidende Rolle bei der Aufrechterhaltung und Kontrolle des Gleichgewichts während Sprungbewegungen.
Aufrecht stehende Ohren, in den kalten Jahreszeiten mit den süßen Pinselhaaren. Sie haben ein ausgezeichnetes Gehör.
Gliedmaßen
An den Vorder- und Hinterpfoten haben sie lange bewegliche Greifzehen mit geborgenen Krallen. Die scharfen Krallen ermöglichen es ihnen, mühelos an Bäumen oder Häuserwänden hochzuklettern.
Die Hinterbeine sind überproportional lang und kräftiger als die Vorderbeine, sind eine Anpassung an die kletternde Lebensweise und ermöglichen weite Sprünge. Beim Sitzen liegen die Hinterbeine für mehr Stabilität mit der kompletten Länge auf dem Boden auf.
Schwanz
Der Schwanz ist das charakteristische Merkmal der Eichhörnchen und ein Multifunktionstool. Mit bis zu 20 cm ist er fast genausolang wie der Körper der kleinen Nager und zweiseitig behaart. Er dient als Balancierhilfe und Steuerruder beim Springen, als Schutz, z.B. vor Regen oder Kälte im Winter und auch als Kommunikationsmittel. So wird der Schwanz eingesetzt um das eigene Revier zu verteidigen oder ein Weibchen zu beeindrucken. Dazu muss der Schwanz immer penibel sauber gehalten werden.
Nagezähne
Die Nagezähne der Eichhörnchen sind die einzigen Zähne, relativ leicht sichtbar sind. Sowohl im Ober- als auch im Unterkiefer befindet sich jeweils ein Paar langer, gebogener Schneidezähne. Die Zähne werden als Hebel verwendet, um beispielsweise Nüsse an einer Stelle anzunagen und dann ein Stück Schale abzusprengen. Die Nagezähne wachsen lebenslang nach und sind an der Vorderseite mit hartem Schmelz überzogen, während die Rückseite weicher ist. Dieser Unterschied führt dazu, dass die Zähne durch den Abrieb ständig scharf bleiben.
Schweißdrüsen
Eichhörnchen besitzen Schweißdrüsen an ihren Pfoten, insbesondere zwischen den Ballen und Zehen. Bei starker Hitze oder wenn sie aufgeregt sind, hinterlassen sie feuchte Spuren, die dazu dienen, ihr Revier zu markieren.
Geschlecht
Männchen und Weibchen sind anhand von Größe und Fellfarbe und auf den ersten Blick nicht zu unterscheiden. Um das Geschlecht eines Eichhörnchens zu bestimmen, muss man den Abstand zwischen Geschlechtsteil und After betrachten. Beim Weibchen befindet sich das Geschlechtsteil direkt oberhalb des Afters, wobei die Harnröhre in einer kleinen Ausstülpung endet, die manchmal mit einem Penis verwechselt werden kann. Beim Männchen hingegen sind Penis und After deutlich voneinander entfernt.
Bei Weibchen sind häufig deutlich die Zitzen zu sehen.